背景
酵母文库就像储存大量外源片段的容器,该文库将酵母细胞作为载体,把表达外源蛋白的基因插入到酵母细胞内,形成一个大集合,酵母文库可以用来研究基因的功能和互作等多方面,是研究生命过程中不可缺少的技术。
通过酵母文库可以研究体内生命调控网络,发现新的蛋白通路,推进实验进展,酵母杂交技术是研究分子与蛋白,蛋白与蛋白之间互作的经典技术,被广泛认可。
酵母作为一种真菌,其真核特性和便于工业生产的特点,被广泛应用于生命科学的研究,酵母文库的构建方法主要运用Gateway和SMART法两种,这两种技术应用于不同的需求和条件,本文主要介绍Gateway方法。
原理
Gateway 法是依据噬菌体λ(int)编码的位点特异性重组酶,可以将宿主基因与病毒基因整合重组,并将其从宿主染色体中分离出来的特性开发的。Int 执行一种高度定向、严格调控的反应,并依赖于辅助 DNA 弯曲蛋白(IHF)。这种机密的调控使整合型和切除型重组两种途径得以实现,不同的生理和环境信号决定了,这两种途径相反且实际上方向不可逆【1】。具体如图所示:聚合酶λ-int在辅助整合因子IHF的帮助下,将超螺旋位点attP与线性位点attB进行基因整合重组,从而产生一个包含有attR和attL位点的整合噬菌体染色体,聚合酶λ-int在Xis(噬菌体编码的切除酶)、IHF以及Fis蛋白的作用下,切除重组再生attP和attB。

图1 噬菌体与宿主基因组整合分离工作模式图
基于这种方法,位于重组位点两侧的 DNA 片段(例如基因)可以在体外与另一种也含有重组位点的新载体混合,并与噬菌体整合酶重组蛋白一起孵育,以将基因转移到新的载体中。Gateway法包含两大部分一个是入门克隆的构建,一个是将入门克隆整合到表达载体内(图2 B)。
入门克隆(图2C):通过PCR在基因片段加入重组位点attB1和attB2,将其与含有位点attP1和attP2的供体载体孵育,在体系中加入λ-int和辅助整合因子IHF,重组整合后载体上插入的基因两端出现新的重组位点attL1和attL2。
重组到表达载体(图2D):将整合后带有attL1和attL2的质粒与含有attR1和attR2位点的表达载体(酵母表达载体)共孵育,在体系中加入纯化后的λ-int、Xis、IHF蛋白因子,促使基因片段整合到表达载体,重组反应只能在 B1和P1、B2和P2、L1和R1以及L2和R2 之间进行,以确保DNA方向正确。
这两个载体att位点P1-P2和R1-R2之间都含有ccdB基因(该基因的表达产物会干扰 DNA 螺旋酶),当质粒构建完整,基因组成功整合时ccdB将被替换而存活。最后将质粒电转入酵母细胞中保存。

图2 Gateway原理模式图【2】
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参考文献
[1] Landy A. The λ Integrase Site-specific Recombination Pathway. Microbiol Spectr. 2015;3 (2):MDNA3-0051-2014.
[2] Walhout AJ,Temple GF,Brasch MA, et al. GATEWAY recombinational cloning: application to the cloning of large numbers of open reading frames or ORFeomes. Methods Enzymol. 2000;328:575-92.
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