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核酸适配体文库构建服务
泰克生物在抗体发现领域深耕多年,建立了成熟的适配体文库设计体系,积累了丰富的项目经验,致力于为客户提供高质量的核酸适配体文库构建服务,并为客户后续的核酸适配体筛选、适配体合成、功能验证,以及靶向特定分子药物的开发等下游研究工作提供强有力的支持,同时,泰克生物也能够为客户提供一站式适配体文库设计服务,从基因分析合成、适体体外筛选、适配体合成,到亲和力测定,致力于满足各类客户的项目需求,通过其提供的核酸适配体序列设计服务,实现了序列的优化与功能上的显著提升。通过利用先进的适配体文库设计平台,泰克生物确保客户能够获得高效、精准的核酸适配体结果,为客户的科研路程贡献力量。
泰克生物构建的核酸适配体文库包含大量的不同序列,确保了广泛的结合可能性得以覆盖。泰克生物对序列的长度、GC含量及二级结构等关键参数进行精细调整,旨在提升文库中适配体的多样性,并严格把控其质量。凭借多年的项目积累,泰克生物对筛选所得的核酸适配体序列进行了深入分析,总结出这些序列共同的结构特征,从而不断地完善序列设计,通过引入突变、延伸或缩短序列等方法对序列进行优化,提高适配体的结合性能,增强其稳定性和生物活性。泰克生物构建的适配体文库库容约为10^10-10^11,并可高达10^14,依托高库容量的适配体文库及多样化的适配体筛选技术,如磁珠-SELEX、细胞-SELEX、捕获-SELEX等,泰克生物能够针对蛋白、小分子物质、细胞及细菌等多种样本类型,高效筛选出针对特定靶标物质的高特异性适配体序列,涵盖RNA、DNA及寡核苷酸序列等。并且筛选获得的核酸适配体的结合亲和力,可达nM- pM级别,针对蛋白靶标的适体亲和力可以达到pM级别。客户仅需明确实验需求,泰克生物的科研团队便会据此定制适配体文库构建方案,全力支持客户的科研工作。
█ 核酸适配体文库构建服务
寡核苷酸文库的设计比较独特,两端为固定的序列,中间则嵌入随机序列。固定序列中融入了便于PCR扩增的引物结合位点。随机序列则通常包含 30-60个核苷酸,确保了文库的多样性,这些序列将与靶标物质发生相互作用。起始文库的设计对筛选成效至关重要。固定区域的设计需确保在扩增过程中避免自身二聚体化,引物区长度通常控制在18~21个核苷酸之间。随机区域长度范围一般在30~60 nt,常用的是40 nt。短随机区域的设计有利于后续的截短及应用,而较长的随机区域在后续的适配体筛选技术过程中更有可能筛选出结构复杂、特异性高的适配体序列。泰克生物运用成熟的SELEX技术,能够从庞大的随机文库中精准分离出对靶标具有高亲和力的寡核苷酸。经过多轮循环筛选,根据富集情况进一步测序SELEX的片段,得到相应的适配体序列。适配体文库的设计对适配体筛选技术的结果具有显著影响,泰克生物构建文库与筛选适配体的流程见图1。
图1 核酸适配体文库构建与筛选流程图
█ 服务内容和周期
步骤 | 服务内容 | 周期 |
Step1:核酸适配体文库构建与筛选 | (1) 固定序列与随机序列的合成,体外构建适配体文库; (2) 生物素标记目标蛋白作为筛选靶点; (3) 适配体文库筛选与富集:PCR扩增富集+转录+跑胶回收,一般为6-10轮; (4) 筛选产物进行NGS测序; (5) 交付:适配体序列 5-15 条,实验报告,原始数据(包括NGS测序原始数据、胶图) | 10-15周 |
Step2: 适配体合成和亲和力测定(可选) | (1) 根据序列进行适配体合成; (2) 适配体与靶点蛋白进行亲和力测定,BLI或SPR,进行KD测定 (3) 交付:实验报告,原始数据 | 4-5周 |
█ 服务优势
多筛选靶点多样 | 文库库容庞大 | SELEX技术平台成熟 | 实验记录详尽可追溯 | 一对一个性化方案定制 | 筛选方式多样 | 筛选轮次充足 |
涵盖蛋白、多肽、氨基酸、小分子等多种类型 | 达到10^14量级,足以筛选出针对客户靶点的核酸适配体 | 筛选所得核酸适配体的亲和力可达nM至pM级别 | 遵循QC质控标准,提供中英文实验报告及原始实验记录 | 包括筛选方案以及后续的验证方案等,满足各类客户的科研项目需求 | 包括磁珠-SELEX、细胞-SELEX、捕获-SELEX等多种方法 | 经过6至10轮压力筛选,确保获得高亲和力、高特异性的核酸适配体 |
答:由于单抗疗法对生物大分子和脂质、碳水化合物等物质的亲和力低,所以单抗的应用在临床上具有一定的局限性。为了提高与上述生物大分子和脂质、碳水化合物等物质的亲和力,人工的配体-适体逐渐产生壮大。适配体是一种单链核酸链,可以与各种不同的靶标进行结合,具有体积小、成本低、合成均匀、定制修饰、核酸模板性质等独特优势,能够在选择方案中扩大潜在靶标的范围,比如小分子和离子适体都可以做为补充抗体进行使用。核酸适配体是一类具有特异性分子识别能力的单链DNA或RNA分子,通过SELEX经过体外筛选得到,由20~110个核苷酸构成,通过折叠可以形成具有三级结构的、高亲和力的、能特异性结合靶分子的小分子基团。
答:SELEX技术的原理是利用技术在体外合成一个单链寡核苷酸库,然后将我们的目标分子或者靶点放到含有不同的核酸序列的文库中进行孵育,最后通过冲洗液将没有发生结合的寡核苷酸冲洗掉,使没有结合的核苷酸和文库分离,然后我们在使用高浓度的盐溶液对结合的文库进行洗脱,洗脱下来的就是我们需要的可以和目标分子发生结合的,接着我们利用PCR技术去扩增能与目标分子结合的寡核苷酸,再开始进行下一轮的筛选。重复以上几个步骤进行多轮反复的筛选,每一轮筛选都发生了和目标分子结合、分离出未结合的序列、扩增出发生结合序列这几个步骤。随着我们反复多次的筛选,筛选的轮次越高,我们的文库的特异性和亲和力也越高,最终我们可以筛选出和我们目标分子高度结合和高亲和力的寡核苷酸序列。但是我们需要注意,在通过RNA适配体文库合成服务去筛选RNA核酸适配体时,我们需要先将RNA逆转录为DNA,再进行后续的SELEX适配体文库筛选。
答:在核酸适配体文库服务,我们可能发现构建的核酸适配体文库中序列不够多,多样性无法满足我们的要求,这种情况可能造成我们构建的文库没有办法将所有可能出现的和分子进行结合的位点都全部识别,可能会出现遗漏现象,导致我们筛选到高亲和力的核酸适配体的概率也一起降低。同时,在核酸适配体文库构建过程中可能会出现序列错误、缺失或污染等问题,这些情况也会造成我们构建的文库的质量下降。针对上述一系列的问题,泰克生物在文库设计时,就通过优化文库的设计参数,比如核酸的序列长度、核酸的GC含量、以及二级结构等因素,提高我们构建的文库的多样性。泰克生物还采用先进的适配体合成技术,保证我们合成序列的随机性和多样性。同时,泰克生物也加强了构建文库每一步步骤中的质量控制,通过使用高品质的试剂和严格按照标准的的步骤进行实验,提高了引物、模板和酶类的品质。同时,我们公司还对适配体文库进行测序的质量检测。
答:在核酸适配体文库服务中,我们发现构建核酸适配体文库的过程所需要的时间长,需要用到的仪器和材料成本巨大,并且整个过程效率不高。同时,文库与目的靶标分子的结合能力不强。上述的情况都可能会成为我们构建核酸适配体文库过程中的绊脚石,泰克生物能够通过对文库构建的流程进行优化以及对实验时间的合理安排,然后再利用先进高效率的适配体合成技术和扩增技术等方法,节约我们的实验时间和实验成本。同时,泰克生物在适配体文库设计最初的时候,就充分考虑到了目的靶标分子的特性以及需要和适配体进行结合需求。同时,泰克生物在文库的筛选过程中,使用各种不同筛选策略和优化各种筛选条件,帮助我们来提高文库与靶标的结合能力。
答:在筛选过程中时,会出现选出的适配体的特异性和亲和力较低,因此,原来的技术被不断改进并且衍生出一系列相关技术。Cell-SELEX技术是在细胞水平上进行操作,用于筛选细胞表面分子的适配体;Apta-Seq和高通量测序技术进行了结合,能够对大规模文库一起进行筛选,提高了文库的筛选的效率。除此之外,还有原子力显微镜的AFM-SELEX和毛细管电泳的CE-SELEX等,大大提高了SELEX技术的成功率。核酸适配体的筛选能够使与目标分子高亲和力结合的适配体的特定核酸序列被人们发现。泰克生物多年来一直致力于给客户提供高亲和力、高特异性的核酸适配体筛选技术服务,为客户后续的适配体功能验证、药物分子的筛选等下游研发工作提供有力支持。
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